มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นสถาบันการศึกษาชั้นสูง ที่มีประวัติยาวนาน ตั้งขึ้นในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 เพื่อเป็นโรงเรียนแพทย์แห่งแรก ของประเทศไทย ตั้งแต่ปีพุทธศักราช 2432 โดยใช้ชื่อว่าโรงเรียนแพทยากร ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จ พระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนราชแพทยาลัย ในปีพุทธศักราช 2443 และสถาปนาเป็น มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ในปีพุทธศักราช 2486 ต่อมาในปีพุทธศักราช 2512 ได้รับพระราชทานนามว่า มหาวิทยาลัยมหิดล ตามพระนามของเจ้าฟ้ามหิดล กรมหลวงสงขลานครินทร์ สมเด็จพระราชบิดา ผู้ทรงเป็น สมเด็จพระบิดาแห่งวงการแพทย์ และสาธารณสุขไทย นับแต่นั้นมา มหาวิทยาลัยมหิดล ได้เริ่มมีการก่อตั้ง คณะวิชาต่าง ๆ สถาบันวิจัย วิทยาลัยและศูนย์ศึกษา และพัฒนาทางวิชาการ อย่างกว้างขวาง จนกระทั่ง เป็นมหาวิทยาลัย ที่สมบูรณ์ในที่สุด

นอกเหนือจาก หลักสูตรปริญญาตรี ที่มีการจัด การเรียนการสอนหลัก ในหลายคณะฯ อาทิ คณะแพทยศาสตร์ฯ ทั้งสองแห่ง (ศิริราช และรามาธิบดี) คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเทคนิคการแพทย์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ และคณะวิทยาศาสตร์ เป็นต้น มหาวิทยาลัยมหิดล ยังมีบทบาทสำคัญ ในการ จัดการเรียนการสอน ในระดับบัณฑิตศึกษา เพื่อผลิตนักวิชาการ นักวิจัย และผู้บริหาร ที่มีคุณธรรม เพื่อเป็นกำลัง ในการพัฒนาประเทศ ในสาขาวิชาต่าง ๆ โดยมีหลักสูตร บัณฑิตศึกษา ระดับปริญญาเอก 65 หลักสูตร ระดับปริญญาโท 153 หลักสูตร ประกาศนียบัตร 54 หลักสูตร และหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตชั้นสูง 4 หลักสูตร ซึ่งปัจจุบัน มีนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา กระจายอยู่ทั่วไป ตามคณะและศูนย์วิจัย ในมหาวิทยาลัยมหิดล มากกว่า 8,000 คน ในจำนวนนี้ มีนักศึกษาระดับปริญญาเอก มากกว่า 1,000 คน

เพื่อให้การดำเนินการ ด้านบัณฑิตศึกษา เป็นไปอย่างมีคุณภาพ และมีมาตรฐาน ให้เป็นที่ยอมรับระดับสากล มหาวิทยาลัยมหิดล ได้มอบหมายบัณฑิตวิทยาลัย ในการกำกับดูแล ประสานงานและ ให้ความช่วยเหลือ ในเรื่องหลักสูตรบัณฑิตศึกษาต่าง ๆ ที่มีอยู่ตามคณะฯ และศูนย์ต่าง ๆ ที่มีกระจายอยู่ทั่วไป ตามวิทยาเขตต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยมหิดล โดยบัณฑิตวิทยาลัย ได้ดำเนินการให้ มีสาขาย่อย ที่สามารถให้บริการเบ็ดเสร็จ 5 สาขา อันได้แก่ สาขาศาลายา สาขาโรงพยาบาลศิริราช สาขาคณะวิทยาศาสตร์ สาขาคณะทันตแพทยศาสตร์ สาขาคณะเวชศาสตร์เขตร้อน เพื่อให้เกิด ความคล่องตัว และมีประสิทธิภาพ ในการบริหารจัดการ

บัณฑิตวิทยาลัย มีความมุ่งมั่น ในการดำเนินการ กำกับดูแล ประสานงาน และสนับสนุน การดำเนินงาน ด้านบัณฑิตศึกษา ของมหาวิทยาลัยมหิดล ให้มีมาตรฐาน และคุณภาพระดับสูง โดยมีเป้าหมาย ในการพัฒนาคุณภาพ หลักสูตรการจัดการ ด้านการเรียนการสอน และการวิจัย เพื่อให้เกิด ผลผลิตที่มีคุณภาพ ทั้งงานวิจัยและบัณฑิต ที่สำเร็จการศึกษา ของมหาวิทยาลัยมหิดล เป็นที่ยอมรับ ทั้งระดับชาติ และระดับสากล